La Biblioteca storica dell’Amministrazione penitenziaria, annessa al Museo criminologico, fu trasferita nel 1975 dall’edificio delle Carceri Nuove di Via Giulia, nell’attiguo Palazzo del Gonfalone, dove tuttora ha sede. Con decreto dipartimentale il Dirigente delegato ex art. 16 D. Lgs. 9 aprile 2008, n. 81 ha disposto la temporanea chiusura e interdizione all’accesso dell’edificio, non solo al pubblico ma anche al personale già ivi in servizio, al fine di consentire interventi manutentivi e strutturali necessari al ripristino delle condizioni di sicurezza dell’edificio.

La Biblioteca, inizialmente istituita allo scopo di dotare l’allora "Scuola agenti di custodia delle carceri" di strumenti didattici idonei alla preparazione degli allievi, possiede un patrimonio di circa 7.000 volumi costituito da un fondo antico, da diversi testi di scienze penitenziarie e penalistiche, di discipline giuridiche e sociali, di antropologia, di psicologia, di criminologia, con particolare riferimento al periodo del positivismo criminologico, e dalla raccolta delle Leggi e dei decreti del Regno d’Italia dal 1871.

La Biblioteca dispone di una sala lettura e un’aula conferenze. L’accesso, previo appuntamento, è consentito al personale dipendente dalla pubblica amministrazione, anche in quiescenza, a docenti e ricercatori, a studenti assegnatari di tesi.